中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院植物生理生態(tài)研究所上海昆蟲(chóng)博物館
現收藏全國各地昆蟲(chóng)標本100多萬(wàn)號，保藏著(zhù)一大批瀕危珍稀昆蟲(chóng)標本及國際和國內的危險性檢疫害蟲(chóng)標本，系統地介紹了昆蟲(chóng)的起源、演化、形態(tài)特征、生活習性、昆蟲(chóng)家族等是我國大型的專(zhuān)業(yè)昆蟲(chóng)館。
中國科學(xué)院水生生物研究所淡水魚(yú)類(lèi)博物館
目前亞洲規模最大、收集種類(lèi)最多的淡水魚(yú)類(lèi)博物館，是中國科學(xué)院在國內具有較好基礎的優(yōu)勢學(xué)科之一。通過(guò)幾十年的工作，已經(jīng)收藏了大量的水生生物標本以及相應的科學(xué)積累。
中國古動(dòng)物館
屬自然科學(xué)類(lèi)專(zhuān)題博物館，1994年10月正式開(kāi)放。它是一座系統介紹脊椎動(dòng)物起源和系統發(fā)育的國家級博物館。
中國科學(xué)院動(dòng)物研究所國家動(dòng)物博物館
國家動(dòng)物博物館位于中國科學(xué)院奧運村園區動(dòng)物研究所內，是國內外公認的、亞洲最大、研究水平最高、綜合實(shí)力最強的動(dòng)物系統分類(lèi)與進(jìn)化研究中心，還將借鑒現代化博物館的主題展示法，采用自然科學(xué)與人文科學(xué)等多學(xué)科的知識集中體現主題，引入4D動(dòng)感影院等高科技視聽(tīng)設施，讓深奧的科學(xué)哲理變得更加平易近人。
中國科學(xué)院南京地質(zhì)古生物研究所南京古生物博物館
中國科學(xué)院和江蘇省共建的南京古生物博物館于2005年12月31日向社會(huì )非正式開(kāi)放，大批南京市民和學(xué)生以及學(xué)齡前兒童來(lái)到博物館，參觀(guān)和了解地球和生命進(jìn)化的故事。新完成的博物館以古生物化石為本，以古無(wú)脊椎動(dòng)物、古植物和微體古生物為主，是目前世界上最大的古生物專(zhuān)業(yè)博物館之一。博物館藏品豐富，展品精美，其中尤以“澄江動(dòng)物群”和包括“中華龍鳥(niǎo)”在內的“熱河生物群”化石標本最為珍貴，堪稱(chēng)國寶級的化石精品。整個(gè)展覽講述一個(gè)地球和生命演化歷史的故事，內容包括一個(gè)“生命的進(jìn)化” 主題展和十四個(gè)專(zhuān)題展。展覽引人入勝，精彩生動(dòng)，寓教于樂(lè )。
中國科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所昆明動(dòng)物博物館
昆明動(dòng)物博物館是中國科學(xué)院國家知識創(chuàng )新工程的重要項目及中國科學(xué)院重點(diǎn)支持的兩大博物館之一，博物館通過(guò)動(dòng)物的姿態(tài)標本、骨骼標本、皮張標本、浸泡標本、生態(tài)景觀(guān)等，按照動(dòng)物的進(jìn)化、生息和分布規律，集中反映這些動(dòng)物的特征、習性、分布等，體現物種和生境的多樣性、生物與環(huán)境的統一、人與自然的和諧。
中國科學(xué)院西雙版納熱帶植物園熱帶雨林民族文化博物館
博物館位于中國科學(xué)院西雙版納熱帶植物園園內，面積2000平方米，外觀(guān)體現了傣族建筑的風(fēng)格。館轄熱帶雨林、民族森林文化展廳和熱帶雨林民族文化研究中心等，是一個(gè)集公眾教育、科學(xué)研究和文物保存等功能的專(zhuān)業(yè)性博物館。